Эрнест Абдыжапаров родился 27 февраля 1961 года в городе Фрунзе (Бишкек). В 1983 году окончил педагогический институт русского языка и литературы во Фрунзе. Работал школьным учителем.
В 1988 году Абдыжапаров стал директором киножурнала «Корогоч», с 1992 года — редактором киностудии «Киргизфильм». На следующий год он возглавил молодёжный творческий фонд «Умай». С 1999 года Абдыжапаров возглавляет собственную студию. С 1999 по 2001 год он занимал пост секретаря Союза кинематографистов Кыргызстана, с 2001 по 2002 год — главный редактор «Кыргызфильма».
Фильмы Эрнеста Абдыжапарова участвовали более чем в 20 международных кинофестивалях. Его короткометражный фильм «Таранчы» собрал призы нескольких фестивалей и международных кинематографичских организаций:
Гран-при Международного фестиваля короткометражных фильмов, Драма, Греция - 1996[2]